어느 날, 우주선에서 외계인들이 내려와 지구에 사는 식물들을 채취해간다. 그때 우주로 돌아가는 길에 동료들을 놓친 외계인은 인근 창고로 숨어있다가 소년 엘리엇을 만난다. 그 후 엘리엇은 외계인을 집으로 데려가 E.T.라는 이름을 짓고, 형과 여동생에게 소개한다. 그리고 E.T.와의 비밀스러운 생활을 시작한다. 한편, 텔레파시를 통해 E.T.가 향수병을 앓고 있다는 걸 알게 된 엘리엇과 아이들은 E.T.가 고향으로 돌아갈 수 있게 작전을 세운다.