21세기로부터 20년이 지나 요괴의 존재가 지워져 버린 시대, 이에 과학적으로 증명하기 어려운 현상들이 나타나는 가운데 어느 우체통 앞에 나타난 13살 소녀인 마나는 갑자기 나타난 요괴 키타로를 마주한다. 이윽고 키타로와 함께한 마나는 각종의 요괴 현상을 해결하기 위해 나선다.