탐험가 클럽의 협회장 세실 퍼트남이 찾아와 파워스 교수님과 함께 미지의 섬으로 탐험을 떠났다 조난된 마사코 몽고메리 가마돈의 회원자격이 취소되었다는 사실을 알리고, 닌자고 일당은 미지의 섬에서 살아나온 유일한 생존자 트위치와 함께 미지의 섬으로 떠난다.

엄마와 사부님, 그리고 파워스 교수님을 찾아 미지의 섬으로 떠난 닌자고 일당은 코코넛을 좋아하는 순한 드래곤 지피를 만나게 되고, 돌기둥 형제들을 만나 대결을 펼치다 달아나게 된다. 하지만, 도망치다 전기에 감전된 로이드를 제외한 닌자고 일당은 섬의 부적을 지키는 자들을 만나게 된다.

부적을 지키고 싶은 자들은 이미 너무 많은 것을 알게 된 닌자고 일당을 가둬버리지만, 제물로 바쳐져야 하는 제이는 귀한 대접을 받게 된다. 한편, 부족에게 납치당하지 않은 로이드는 친구들을 구하기 위해 고군분투한다.

깊은 잠에서 깨어난 워지라를 다시 잠들게 하기 위해 부족은 귀한 자 제이를 마지막 제물로 바치려 하고, 닌자고 일당은 제이를 구하기 위해 고군분투한다. 하지만, 워지라의 이빨을 발견한 닌자고 일당은 부족에게 오래된 워지라의 이야기를 듣게 된다.

닌자고 일당을 피해 시골로 도망친 데모나 일당을 잡기 위해 니아는 거대한 물기둥을 만들어 공격을 시도하지만, 힘조절에 실패해 데모나 일당을 놓치고야 만다. 한편, 니야의 힘 조절 실패에 관한 이야기를 들은 사부님은 닌자고 일당에게 워지라에 관한 이야기를 들려준다.

사부님의 이야기를 들은 카이는 물의 힘을 통제하지 못하는 니야를 위해 엄마를 호출하고, 니야는 엄마와 함께 물의 중심을 지키는 훈련에 돌입한다. 한편, 픽셀과 쟌은 니야를 빼고 해양 구조 작전을 수행하게 된다.