1화: 병합 1부 차원의 세계들의 병합이 이뤄진 지 1년이 지난 현재, 닌자 팬인 애린과 친구, 소라는 사냥을 당하던 어린 드래곤, 리유를 구하기 위해 모든 걸 감수한다.

2화: 병합 2부 로이드, 아린, 소라는 리유를 무리로 데려다주면서, 새롭고 낯선 힘을 발견하고 자신들을 뒤쫓던 드래곤 헌터들과 맞서 싸울 수 있게 된다.

3화: 크로스로드 축제 사원을 몰래 빠져나온 아린과 소라는 크로스로드 축제에 참가하고, 악당의 음모를 밝히며 새로 배운 훈련을 실전에 써먹을 수 있는 기회를 잡는다.

4화: 광기를 넘어서 조종사가 타지 않은 드래곤 전함이 사원에 충돌하자, 로이드, 아린, 소라, 리유는 단서를 쫓아 가던 중 전쟁 중인 영역에 발이 묶여 있던 카이와 니야를 만난다.

5화: 운명을 쓰는 자들 병합 지진이 일어나는 바람에 갑자기 나타난 괴물들과 클라우드 킹덤에서 싸우게 된 닌자들은 병합에 대한 해답을 찾고, 새로운 원소 마스터를 만나게 된다.

6화: 임페리움으로 돌아가다 소라는 과거에 만든 자신의 발명품이 사악한 일에 쓰이고 있다는 걸 알고, 임페리움으로 간다. 그러나 그곳에서 소라, 아린, 로이드, 리유는 뿔뿔이 흩어지게 된다.