모함이 폭발하고 세계 인구가 격감한 8·32 이후에, 코야마 노부오는 눈을 뜬다. 그동안 그의 안에는 침략자가 있었다고 한다. 노부오는 카도데를 만나기 위해 지금은 도쿄만의 일부가 된 도쿄로 향하는데...

3년 전 8월 31일. 도쿄 하늘에 모함이 나타난다. 미군은 모함을 공격하고 엉망이 된 도쿄에서 코야마 카도데와 나카가와 오란은 친구들과 변함없는 일상을 보내고 있는데...

어느 날, 모함에서 나온 소형 원반이 주택가에 추락한다. 한편, 자위대는 SES에서 개발한 보인 6식으로 모함에서 나온 중형선을 공격하는데...

한 저널리스트가 보인의 개발사인 SES가 중요한 사실을 숨기고 있다는 사실을 인지한다.

크리스마스 이브. 카도데와 친구들은 크리스마스 파티를 하고, 그날 밤에 자위대는 보인 7식으로 모함에서 나온 중형선을 공격한다. 그리고 대입 입시날이 오는데...

8년 전, 카도데와 오란이 초등학교 5학년이었을 때, 전학생이었던 카도데는 반 친구들과 잘 지내지 못했다. 여름방학 특강 때, 외계인을 발견한 걸 계기로 카도데와 오란은 급격히 친해지는데...