마사코, 마스터 우, 클러치 파워스 교수가 미지의 섬에서 탐사하던 중 사라진다. 닌자들은 그들의 흔적을 뒤따라가는데.

가까스로 섬에 도착한 닌자들은 정글에서 뜻하지 않게 드래곤과 친구가 되지만, 살아있는 돌기둥의 습격을 받는다.

닌자들은 스톤의 파수꾼들에게 붙잡힌다. 그러나 파수꾼들은 제이만큼은 아주 소중하게 대접한다. 혼자 탈출한 로이드는 친구들을 구할 계획을 세운다.

제이는 섬을 위협하는 큰 뱀을 달래기 위한 제물로 바쳐진다. 그러나 다른 닌자들은 섬에서 뭔가 수상한 낌새를 차리는데.

마야는 니야의 문제를 해결하기 위해 아주 엄격하게 니야의 생활을 관리하지만, 건강식과 계속되는 훈련에 니야는 짜증만 난다. 한편, 쟌과 픽셀은 조난 신고를 받고 바다에 나갔다가 타고 갔던 차량이 거의 파손되는 일을 겪는다. 둘은 사건의 배후를 추적하던 중, 이번 일이 니야가 겪은 일과 무관하지 않다는 걸 알게 된다.