'저, 마가타 연구소에 다녀왔어요.' 국립 나고노 대학의 부교수 사이카와 소헤이는 은사의 딸이자 지금은 자신의 제자인 니시노소노 모에가 천재 프로그래머 마가타 시키 박사와 면담했다는 이야기를 듣고 놀라움을 감출 수 없었다. 그 반응을 본 모에는 사이카와에게 어떤 제안을 하는데...

마가타 연구소가 있는 히마카지마로 세미나 여행 온 사이카와와 학생들. 세미나 학생들이 캠핑을 즐기고 있는 와중에 모에는 사이카와와 연구소를 찾았다. 연구소의 부소장인 야마네는 시키와 연락이 되지 않는다는 사실을 두 사람에게 전하고 그녀가 무사한지 확인하기 위해 15년 동안 시키의 허락 없이 열 수 없었던 시키의 방문을 열기로 결의한다.

시키의 방에서 나타난 시신에 당혹감을 감출 수 없는 사람들. 무슨 일이 일어났는지 알아보려고 하지만 현장인 방은 완전한 밀실 상태여서 의혹은 깊어져만 간다. 그러던 와중에 연구소의 소장이자 시키의 작은아버지이기도 한 신도 세이지가 시키의 여동생인 미키를 데리고 연구소로 돌아오면서 연구소는 새로운 국면을 맞이한다.

신도 소장의 사건을 조사하는 과정에서 신도의 아내 유미코와 대화하다가 15년 전 시키가 부모님을 살해했던 자세한 내용과 시키에게 여러 명의 인격이 존재한다는 것을 알게 된 사이카와와 모에. 두 사람은 해결의 실마리를 찾아내기 위해서 시키의 생각을 추적하려고 한다. 그 과정에서 모에는 자신의 부모님이 사고당한 과거를 직면하게 된다.