지구와 거의 모든 게 비슷한 다른 차원의 어떤 세계. 한 가지 다른 게 있다면 이 세계에는 메카니멀이 존재한다는 것이다. 초등학교 5학년생 나찬은 메카니멀 배틀 실력이 영 좋지 않은 평범한 소년. 어떻게 하면 강해질 수 있을지 고민하던 나찬은 자신의 집에서 낡은 책을 발견한다. 그리고 책 속에서 '에반'이라는 이름과 함께 낯선 메카니멀의 그림과 지도를 보게 되는데…

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새로운 메카니멀 친구를 맞이하기 위해 거리로 나선 아라. 메카니멀이 좀처럼 발견되지 않는 가운데 괴한들에게 쫓기는 여성을 발견한 아라는 여성을 도와주려 했으나 사실 그것은 영화 촬영 현장이었다. 감독님의 부탁으로 촬영을 돕기로 한 아라와 나찬. 그리고 촬영이 시작되려는 순간, 메카니멀 레이더가 울리기 시작하는데…

찬의 학교에 도깨비단을 자처하는 쌍둥이 초코와 캔디가 전학을 온다. 블랙미러의 리더 케인이 전학을 올 거라고 기대했던 아라는 초코&캔디와 다투게 되고 배틀로 대결까지 하기로 한다. 하지만 초코와 캔디는 아직 메카니멀이 없었고, 테이머 없는 메카니멀을 발견했지만 메카니멀 없이는 테이밍 배틀을 할 수도 없어서 고민하는데…

1년마다 열리는 메카니멀 챔피언십의 올해 개최지로 찬이네 마을이 선정되며 축하 행사가 열리게 된다. 작년 우승자인 케인은 마이트와 특별 배틀 무대를 갖고 마이트와 팽팽한 대결을 벌인다. 그리고 배틀 후 케인은 찬에게 달려가는데…

마을 근처 숲에서 아이들이 사라진다는 소문이 돌고 있다. 초코가 사라졌다는 캔디의 말에 찬과 친구들은 초코를 찾아 나서지만 마이트는 바쁘다며 빠진다. 그러나 마이트는 누구보다 먼저 초코를 찾아내고 싶어 숲 속에 홀로 들어가고 그곳에서 이상한 웃음소리를 듣게 되는데…