한 학생이 학교 옥상에서 떨어져 죽는다. 경찰은 자살이라는 결론을 내리고, 서둘러 추모식을 연다. 그리고 며칠 뒤, 그 학생이 살해당하는 장면을 목격했다는 고발장이 날아온다. 학교, 경찰, 언론은 학생들에게 ‘신경쓰지 마’, ‘아무것도 하지 마’, ‘가만히 있어’ 라고만 한다. ‘어리면 감정도 의견도 없어?’ 학생들은 더 이상 모르는 척 숨어있지도 가만히 있지도 않겠다고 말하며 교내재판을 열어 직접 진실을 밝히기로 한다.

서연은 자신에게 배달된 고발장을 경찰인 아버지에게 전달하고 적극적으로 진실을 파헤치려고 한다. 이에 경찰은 소우의 타살 가능성을 염두에 두고 재조사를 시작한다. 한편, 방송국 시사고발 프로그램팀에게 익명의 고발장과 편지가 도착하고, 기자들은 재빠르게 취재를 나선다. 소우의 죽음에 관한 방송이 나가고 사태가 심각해지자 한팀장은 사실을 은폐하기 위해 사건 관계자들과 밀회를 가진다…

서연은 선생님과 친구들에게 소우가 왜 죽었는지 직접 밝혀내자고 말하며, 이소우 사건에 대한 교내재판을 열자고 제안한다. 지훈은 자신의 아버지인 한 팀장에게 소우는 자살할 친구가 아니라고 얘기하고, 서연을 도와 교내재판을 준비한다. 이에 한 팀장은 진실을 감추기 위해 교내재판에 대한 대응방안을 마련하고 고발장을 보낸 사람을 찾아나선다…

서연과 친구들의 활약에 드디어 교내재판 동아리가 창설되고 첫 교내재판을 위해 각자 증인을 찾고, 증거자료를 수집하기 시작한다. 한편, 주리는 자신의 억울함을 호소하는 동영상을 만들어 공개하고 사건 관계자들은 또 한번 경악하게 된다. 지훈은 아버지인 한 팀장에게 자신이 소우를 위해 교내재판에 참여하게 됐다고 얘기하고, 이에 한 팀장은 정국고 교장을 찾아가 교칙을 개정해서라도 교내재판을 막을 명분을 만들라고 하는데…

서연은 주리에게 재판에 나와 달라고 진심을 다해 부탁하고, 주리는 고민하게 된다. 준영은 지훈에게 소우가 죽은 날, 현장에서 수상한 남학생을 봤다고 얘기한다. 지훈은 준영이 자신을 봤다는 사실을 깨닫고 다른 사람들에게는 말하지 말라며 입단속을 한다. 수많은 위기와 방해를 이겨내고 한 팀장, 오 형사, 박 기자, 선생님들, 학생들이 지켜보는 가운데 드디어 첫 교내재판이 시작된다.

지훈은 우혁에게 재판용 알리바이가 아닌 진짜 알리바이를 듣게 되고, 서연도 동현에게 사건이 나던 날의 진짜 알리바이를 듣게 된다. 주리는 서연에게 고발장과 관련된 모든 사실을 털어놓게 되고, 재판에 나가 증언하겠다고 약속한다. 박기자는 지훈이 수상하다고 느끼고 뒷조사를 하다가 정국고 파수꾼의 정체를 알아내게 된다. 한편, 한 팀장은 최 사장, 정국고 교감과 상의하여 재판을 훼방놓는데…