스마트폰으로 동영상 스트리밍을 하며 교내를 누비는 발랄한 갸루 준. 준이 역사 연구부에 들어가 유일한 부원과 시답지 않는 대화를 하는 사이, 갑작스레 등장한 한 남자. 근미래적인 차림의 후지타는 준의 이름을 알고 있고, 500년 후의 미래에서 왔으며 준의 자손이라고 밝힌다. 후지타는 준에게 5년 후의 미래를 보여주며 미래에서 벌어질 일을 설명한다. 후지타는 어떤 위인을 잘못된 운명에서 탈출시켜야 한다며 준에게 도움을 요청하는데...

역사 연구부의 동아리실에서 타니다에게 역사를 가르치는 에바타. 그러나 또다시, 2050년에서 타임 슬립한 빌 후지타가 나타난다. 후지타는 '지금으로부터 3년 후, 어떤 나라의 독재자가 그만 핵미사일 버튼을 눌러 도쿄는 붕괴된다'는 말을 하고, 이에 타니다는 성인이 되어 술을 마시며 떠들썩하게 지내고 싶다는 강렬한 집념 아래, 에바타를 데리고 버그가 발생한 1830년으로 타임 슬립한다. 그곳에는 절의 벽에 그림을 그리는 카츠시카 호쿠사이가 있었는데...

역사 연구부의 동아리실에서 만화를 읽고 있는 타니다와 그녀를 상대하며 수험 공부 중인 에바타. 그러던 중, 후지타로부터 역사를 개조하는 사이버 테러로 인해 발생한 역사상의 버그로 문명의 발달이 늦어지고, 전염병으로 인류가 멸망하는 세계가 되고 만다는 이야기를 듣게 된다. 이것을 막기 위해 두 사람은 발명왕 토머스 에디슨의 연구소로 타임 슬립. 그러나 연구소에 도착하자 수수께끼의 소리가 계속 울리며 잘못된 역사가 확정될 카운트다운이 시작된다.

역사를 구하고 온 타니다와 에바타는 계속해서 발생하는 버그로 절반 포기하는 상태가 된다. 또다시 미래에서 빌 후지타가 나타나, 이번 위기는 사카모토 료마에 관한 것이라고 알려준다. 그러자 에바타의 태도는 돌변! 역사상 가장 좋아하는 인물을 구하기 위해 막부 말기의 에도로 타임 슬립. 그곳은 그 유명한 테라다야 사건의 현장이었다! 역사에서는 나중에 아내가 될 오료의 재치로 궁지에서 탈출하는 료마가 왜인지 살해되고 마는데...

어떤 수수께끼를 맞춘 자만이 초대받는다는 ZOOM 미팅에는 '하데스'라고 이름을 가진 에바타와 닮은 인물이 존재한다. 타니다와 빌 후지타가 녹화한 동영상을 보고 있을 때, 마침 에바타가 동아리방으로 들어온다. 두 사람은 평소대로 역사의 버그를 수정하기 위해 소설가로서 자신감을 잃은 다자이 오사무에게 향한다. 다자이 오사무가 간밤에 쓴 원고에는 버그가 발생하여 의미를 알 수 없는 문장들이 적혀 있었는데...

타니다와 에바타는 수수께끼의 남자 하데스가 어떠한 목적으로 수수께끼 마스터들을 모은다는 사실을 알게 된다. 평소엔 로커 안에서 타임 슬립하여 나타나는 빌 후지타가 미래로 돌아간 뒤로, 한동안 발자취를 감춘다. 그러자 갑작스레 곳곳에서 수수께끼가 나타나고, 타니다와 에바타가 있는 현대는 대혼란! 세계를 구하기 위해 수수께끼를 해독하려는 두 사람이지만, 평소와 상태가 다른 사람들에게 휘둘리는데...