식인 거인들에게서 인류를 지키기 위해 성벽을 쌓고 100년 넘게 생존해 왔다. 거대한 성벽을 사이에 두고 인간들과 거인들이 공존하는 세상에서, 어느 날 한 초대형 거인이 나타나 성벽을 부수며 인류를 위협한다.

점차 시간시나 안쪽으로 몰려 들어오는 거인의 모습은 인류의 무력함을 실감시키기에 충분했다. 바로 눈앞에서 어머니를 구하지 못한 엘런도 자신의 약함에 분노를 느끼는데... 한편, 월 마리아 안쪽으로 통하는 벽 앞에선 다른 거인들과는 확연히 차이를 보이는 갑옷의 거인이 벽을 향해 돌진을 시작하고 있었다.

거인들을 향한 복수심에 불타는 엘런과, 그를 보호해야 하는 의무가 있는 미카사, 그리고 부족하지만 의지가 넘치는 아르민은 함께 인류를 지키기 위해 훈련병단에 지원한다. 그들은 훈련을 받으며 동기들과 친해지는 가운데, 입체 기동 훈련 도중 엘런만이 실패하며 모두의 웃음거리가 된다.

월 마리아 돌파 후 5년, 수 년 간의 힘든 훈련을 극복하고 훈련병 졸업을 맞이한 엘런과 친구들. 엘런은 상위 10명에게만 주어지는 헌병단 입단 권한을 마다한 채 조사병단 입단을 결심하는데...

월 마리아 사건으로부터 오 년이 지난 후, 월 로제 앞에 초대형 거인이 다시 등장해 인류를 위협한다. 이에, 엘런은 복수를 위해 초대형 거인을 향해 돌진하지만, 거인은 성문만 부수고 사라진다. 이윽고, 거인들이 어김없이 벽 안으로 진입하자, 시민들을 지키기 위해 엘런과 훈련병들은 목숨을 걸고 전투에 뛰어든다.

아르민은 동료들이 눈앞에서 거인들에게 학살당하는 광경을 목격하자 충격에 빠지는 가운데, 코니 일행이 도착했을 때 이미 엘런의 34반은 전멸한 상태다. 한편, 미카사는 마을 주민들의 피난을 도우며 월 마리아에서의 옛 기억을 회상한다.