꿈에서 깬 엘런은 미카사와 함께 입학식을 향해 달려간다. 곧, 그는 거대한 진격중학교의 교문 앞에 도착하지만, 무시무시한 거인들과 마주하게 된다. 그러나, 그곳에서 무사히 도망친 이들은 우열 곡절 끝에 담임 샤디스가 맡은 1학년 4반 교실에 도착하는 데 성공한다.

샤디스에게 지시를 받은 엘런은 미카사와 함께 아르민의 집을 찾는다. 그러나, 그는 자신의 손에 들린 호빵을 노리는 거인의 습격을 받지만, 같은 학교 선배의 도움으로 위기를 모면하게 된다. 그리고 무사히 아르민을 만난 두 사람은 그를 설득하기 시작하지만, 다시 나타난 선배는 그의 이불을 훔쳐 달아난다.

진격중학교의 1학년 4반 아이들은 피구 대회에 출전한다. 그러나, 엉망진창인 팀원들의 실력에 조장의 고민은 깊어지지만, 설상가상으로 엘런은 대회에 나타나지조차 않는다. 그리고 이들의 상대 팀 애니는 아이들을 협박해온다. 곧, 아이들은 해결책을 위해 고민하기 시작하지만, 엘런의 등장과 함께 미카사는 엄청난 실력을 보인다.

미승인 동아리인 비밀의 조사단 대신 엘런과 친구들은 벽 미화부에 들어가게 된다. 곧, 원하지 않던 결말에 엘런은 좌절하지만, 조장의 지시로 전교의 창문 닦기를 시작한다. 그러나 이때, 입체기동장치의 위력을 확인한 된 엘런 일당은 거인을 잡기 위해 최선을 다하여 창문을 닦는다.

다가오는 여름과 함께 진격중학교의 시험 결과가 발표된다. 그러나 이때, 모든 시험에서 낙제한 사샤는 급식을 사수하기 위해 아르민의 도움을 받아 공부에 돌입한다. 한편, 방과 후에 조사단으로 달려간 엘런과 장, 그리고 미카사는 시험 점수 때문에 싸우는 선배들의 모습을 목격한다.

의문의 연애편지를 받은 장은 자신을 짝사랑하는 그녀를 위해 스타일 변신을 시도한다. 곧, 그는 편지의 주인공을 찾아보지만, 아무런 단서가 없는 상황에서 막연한 상상에 빠지고 만다. 그러나 이때, 애니의 주머니에서 똑같은 편지 봉투를 발견한 그는 그녀를 의심하기 시작한다.