링컨 버로스는 암살 혐의로 사형 선고를 받고 몇 달 안에 죽을 예정이고, 그의 동생인 마이클은 형이 누명을 썼다고 생각한다. 별다른 방법도 없고 시간도 없자, 마이클은 폭스 리버 주립 교도소에 수감된 형과 함께 투옥되는 극단적인 방법을 쓴다. 교도소 건설 청사진을 문신으로 새기고 교도소에 들어가는 건축설계사 마이클은 링컨을 탈옥시키고 무죄임을 증명하기 위한 치밀한 계획을 진행하기 시작한다.

교도소 안에서 인종 갈등이 끓어오르고, 베로니카는 링컨의 사건을 파헤치고, 마이클은 당뇨 양성반응에 도움이 되는 약을 구해내고, 탈출 계획에 사용할 큰 볼트를 확보하려고 한다.

시간은 촉박해지고, 마이클은 그의 치밀한 탈출 계획을 실행하기 위해 그의 감방 동료 수크레의 도움을 받아야 한다. 그러나 수크레는 그 일에 연루되길 원하지 않아서 다른 감방으로 옮겨달라 요청하고, 마이클의 새로운 감방 동료 헤이와이어는 생각보다 훨씬 더 나쁜 사람이다. 한편, 베로니카는 링컨의 처형을 막는 데 도움을 줄지도 모르는 여자를 만난다.

켈러만과 헤일은 보이는 것과는 달리 나쁜 과거가 있는 포프 소장을 방문한다. 한편, 마이클은 링컨 없이 폭스 리버를 예상보다 훨씬 빨리 빠져나갈 수 있다는 것을 알게 된다. 교도소 밖에서 베로니카와 닉은 링컨의 결백을 증명하기 위해 수사하고, 그 과정에서 베로니카는 의심을 품게 된다.