서기 1999년 크리스마스. 전송연구 센터의 슈퍼컴퓨터 내에 침입한 의문의 컴퓨터 바이러스가 메인 프로그램 '메사이어'를 감염시킨다. 바이러스의 영향으로 의지를 가지게 된 메사이어는 폭주해 세계 지배를 제창하며 순식간에 전송연구센터의 모든 시스템을 장악한다. 센터의 연구원들은 더이상의 피해를 막기 위해 설비 전체를 아공간으로 전송할 결심을 세운다. 연구소가 아공간으로 사라진 직후, 아공간으로부터 세명의 아이들과 세대의 작업용 로봇이 전송되어온다. 사건 현장에 있던 이들의 몸에는 백신 프로그램이 퍼져있었다. 설비로부터 떨어져서 아공간으로 전송되지 않은 연구원 쿠로키 타케시는 메사이어가 돌아올것을 예측, 백신 프로그램을 가진 아이들을 전사로 키워나가게 된다. 13년 후인 2012년. 세계에는 '에네트론'이라 불리우는 무공해 에너지가 개발되어 이미 사람들의 삶에 필수적인 요건이 되었다. 하지만 메사이어가 이끄는 조직 버그라스가 에네트론을 노리고 공격해온다. 메사이어를 아공간에서 꺼내오기 위한 에너지를 얻으려고 하는 것이다. 하지만 이와사키 류지와 우사미 요코가 그들을 막아선다. 13년전 쿠로키가 거둬들인 아이들로 전사가 되기위한 훈련을 거쳐 에너지 관리국 특명부대 소속 특수부대인 '특명전대 고버스터즈'가 되었던 것이다. 그리고 그때 또 한명의 아이 사쿠라다 히로무가 그들앞에 나타나 3인의 고버스터즈가 결성된다. 하지만 13년이나 자신들과 떨어져있던 히로무가 탐탁치 않은 요코는 사사건건 부딛히게 되는데...
