수많은 어려운 사건을 해결하는 고교생 탐정 쿠도 신이치는 소꿉친구인 란과 함께 유원지 데이트 도중 제트코스터 살인 사건에 휘말린다. 뛰어난 추리력으로 사건은 금방 해결하지만 함께 놀이기구에 탔던 검은 옷 남자들의 수상한 거래 현장을 목격한다. 증거를 잡기 위해 몰래 엿듣는 도중 뒤에서 습격을 받고 이상한 독약을 먹고 정신을 잃게 되는데...
검은 옷의 남자에게 습격을 받고 의식을 잃은 신이치. 정신을 차려보니 먹게 된 독약 때문에 몸이 초등학생으로 줄어들어 버렸다. 신이치는 아가사 박사의 도움을 받아 초등학생 에도가와 코난으로 정체를 숨긴다. 검은 옷 남자들의 정보를 얻기 위해 소꿉친구인 란의 집에 얹혀살기로 한 코난. 란의 집으로 가자마자 검은 옷의 남자에게 부잣집 딸이 유괴당했다는 이야기를 듣는데...
모리 코고로의 탐정 사무소에 유명 아이돌 요코가 찾아온다. 누군가에게 스토커를 당한다는 중이라는 그녀. 코난들은 조사를 위해 요코의 방에 가는데 그곳에는 남자의 시체가 있었다. 코난은 아가사 박사의 발명품인 마취 시계와 목소리 변조 넥타이를 이용하여 코고로를 잠재우고 사건의 수수께끼를 해결하기 시작한다.
우연하게 암호를 손에 넣게 된 코난과 동급생 3인조. 보물지도라고 확신한 3인조는 코난과 함께 소년 탐정단을 결성, 암호 해독에 열을 올린다. 사실 그 암호는 현재 도주 중인 이탈리아 도둑 조직이 훔치고 숨겨둔 금화의 장소를 나타내는 지도였다. 과연, 소년 탐정단은 암호를 해독하고 무사히 보물을 손에 넣을 것인가?
교토로 가는 신칸센에서 자신에게 독약을 먹인 검은 옷의 남자들과 똑같은 모습을 한 2인조를 본 코난. 그들의 정체를 알기 위해 도청기를 설치했는데 신칸센 안에 폭탄이 설치되어 있고 40분 뒤에 폭발할 것이라는 소리를 듣고 마는데...
란과 소노코는 밸런타인데이 파티에 초대받아서 미나가와의 집을 방문한다. 란이 걱정된 코난은 그들의 뒤를 몰래 따라갔지만, 결국 란에게 들키고 말아서 함께 파티에 참석하게 된다. 다 같이 맛있는 음식과 후식을 먹으며 즐거워했지만, 성격이 꼬인 미나가와 때문에 도중에 분위기가 험악해졌다. 그런데 잠깐 바람을 쐬러 나간 미나가와가 갑자기 쓰러지며 사망했는데...
타카야마 미나미
코난
야마자키 와카나
모리 란
카미야 아키라
모리 코고로
코다마 켄지
감독
야마모토 야스이치로