VRMMO[Infinite Dendrogram]이 발표된 지 1년 반. 대학 입학시험을 마친 무쿠도리 레이지는 염원하던 [Infinite Dendrogram]을 시작한다. 레이 스탈링이 되어 형 슈우와 만나기 위해 알터 왕국에 막 도착한 그는 갑자기 퀘스트를 받게 되는데...!?

[엠브리오] 네메시스의 힘으로 첫 퀘스트를 클리어 한 레이. 다음 목표는 랭커가 되는 것. 전쟁에서 패배하고 플레이어 수가 감소한 알터 왕국에서라면 랭커가 되는 것도 불가능한 일은 아니었다. 곧바로 레벨업을 위해 사냥에 몰두하고 있을 때 루크와 [엠브리오] 바빌론과 만나게 되는데.

왕도 알테아 주변에서 벌어지던 PK 테러가 끝났다. 정보상 마리의 정보에 의하면. 연합을 맺고 있던 PK 집단이 피가로를 포함한 [슈피리어] 플레이어들에 의해서 데스 페널티에 처해졌다고 한다. 레이는 그 압도적인 전투를 아연한 표정으로 볼 뿐이었는데...

결투도시 기데온으로 가던 도중. 레이 일행은 상인의 마차를 습격한 고블린 무리와 조우한다. 그냥 지나칠 수 없었던 레이는 고블린 퇴치에 협력하지만, [UBM]의 출현으로 궁지에 빠진다. 압도적인 파워와 상태 이상 공격 앞에서 승기를 잡을 수 있을 것인가!?

알레한드로의 상점에서 수수께끼의 아이템을 손에 넣은 레이. 하지만, 그 아이템을 사용하기 위해서는 어떤 액세서리를 구입해서 새로운 스킬을 얻어야만 했다. 레이는 돈을 벌기 위해 모험자 길드로 향하는 길에 골목에서 습격당하는 여성과 그녀를 구하려는 소년과 만나는데.

레이가 구출한 소년은 산적단의 두목 중 하나인 메이즈에게 조종당하고 있었다. 방심하고 있다 칼에 찔린 레이. 칼에 발라진 비약 때문에 복수의 상태이상에 빠지지만 팽창하는 분노와 살의가 레이의 몸을 움직인다. 메이즈를 압도할 정도의 위압감을 보여주는 레이였는데...