Kinji Toyama, un estudiante de la escuela Butei de Tokio, va en bicicleta cuando es atacado por un objeto no tripulado equipado con un arma automática. Una voz artificial le dice a Kinji que la bicicleta tiene una bomba que se activará si reduce la velocidad, dejándolo en una situación desesperada. Sin embargo, una hermosa y misteriosa chica llamada Aria desciende de los cielos para salvarlo.

Aria entra en la habitación de Kinji. Ella lo presiona para que se convierta en su compañero, pero Kinji se niega, ya que planeaba dejar de ser un Butei. Sin embargo, Aria se niega a escuchar y dice que se quedará en su habitación hasta que él acepte. ¿Cuál es la razón por la que Aria muestra tanto interés en Kinji?

Kinji promete unirse a Aria solo una vez, y regresa a clases de combate después de mucho tiempo. Sin embargo, un autobús que transportaba estudiantes de Butei es secuestrado por el "Asesino Butei", quien ha colocado una bomba en el vehículo. Aria, que siente una fuerte hostilidad contra el Asesino, parte con Kinji para salvar a los estudiantes.

Kinji se encuentra con Aria por casualidad en la calle y la sigue hasta la sala de visitas de la prisión. Allí, encuentra a la madre de Aria, falsamente acusada y condenada. Aria estaba tratando de aliviar la sentencia de su madre al atrapar al "Asesino Butei". Pero, al día siguiente del descubrimiento de Kinji, Aria se ausenta de la escuela por alguna razón.

Kinji y Aria enfrentan al "Asesino Butei" en un vuelo hacia Londres, pero deben retirarse cuando Aria resulta herida y se desmaya. Aria recupera la conciencia mediante una droga, pero los efectos secundarios la sumen en un estado de agitación. En un intento por calmar a Aria, Kinji la besa.

Durandal es el nombre del secuestrador que tiene como objetivo a los Buteis de renombre. Kinji y Aria descubren que tiene como objetivo a Shirayuki. Viendo esto como una oportunidad de capturar al enemigo que incriminó a su madre, Aria se ofrece para escoltarla. Shirayuki, que tiene una rivalidad con Aria por Kinji, acepta la propuesta si Kinji también es su guardaespaldas.