S1, A1: Lincoln Burrows zit momenteel in de dodencel en zal binnen enkele maanden geëxecuteerd worden voor een moord die hij, zoals zijn jongere broer Michael stellig gelooft, niet gepleegd heeft. Omdat er geen andere opties zijn en de tijd begint te dringen, gaat Michael tot ingrijpende stappen over. Hij laat zich opsluiten in de gevangenis waar zijn broer zit. Eenmaal binnen begint Michael, een bouwkundige met de blauwdrukken van de gevangenis in zijn bezit, een uitgebreid plan uit te voeren om met Lincoln uit te breken en zijn onschuld te bewijzen.