S3, A1: In de eerste aflevering van het seizoen zit Michael Scofield in Sona, een helse en dodelijke Panamese gevangenis waar een eerdere rel alle autoriteit weggedreven heeft, waardoor de gevangenen de leiding hebben over hun eigen levens (en dood). Met het lot van zijn dierbaren op het spel, moet Michael ene Whistler vinden, een mysterieuze medegevangene die zich verborgen houdt in het riool, om te ontsnappen uit een gevangenis die geen ontsnapping kent. Ondertussen zoekt Lincoln een vermiste Sara en krijgt hij verontrustend nieuws over LJ.