In de eerste aflevering van het seizoen zit Michael Scofield in Sona, een helse en dodelijke Panamese gevangenis waar een eerdere rel alle autoriteit weggedreven heeft, waardoor de gevangenen de leiding hebben over hun eigen levens (en dood). Met het lot van zijn dierbaren op het spel moet Michael ene Whistler vinden, een mysterieuze medegevangene die zich verborgen houdt in het riool
House en het team behandelen Julia (gastrol van Sarah Wayne Callies), een vrouw met een open huwelijk, die tijdens een date met haar vriendje ziek wordt. Net zo vreemd als de ziekte is voor het team, is Julia's gelukkige polygame relatie. En House stelt Wilsons relatie met Sam (gastrol van Cynthia Watros) op de proef.