S3, A2: Sydney is op zoek naar de waarheid over haar twee gemiste jaren en confronteert Sark, die wordt vastgehouden door de CIA. Maar als een nieuwe terroristische organisatie, het Convenant, Sark wil ruilen voor twee wetenschappers die zij hebben ontvoerd, moet Sydney tegen haar wil aan een gevangenenruil deelnemen. Daarbij ontdekt ze een verband met haar verloren tijd. Ondertussen confronteert Jack Sloane over diens mogelijke rol bij zijn dochters verdwijning.