Duitse agenten ondervragen Olivia wanneer dhr. Jones terugkeert en een dodelijke gifstof wordt vrijgegeven die veroorzaakt dat slachtoffers doodgaan zonder gezicht omdat hun openingen plotseling en op mysterieuze wijze dichtgaan.
Wanneer een vreemde parasiet zicht vasthecht aan de interne organen van een agent die op sterven ligt, haast agent Dunham zich naar Duitsland voor een ontmoeting met een gevangene die informatie heeft over een veel grotere dreiging.
Walter onderzoekt een reeks uitzonderlijke bankovervallen die tegen alle wetenschap ingaan en realiseert zich dat de hightech dieven het gemunt hebben op iets wat hij in zijn bezit heeft.
In de seizoensfinale wordt de Fringe Division aangevallen, keert dhr. Jones terug, verdwijnt Walter en maakt de ongrijpbare William Bell (LEONARD NIMOY) van Massive Dynamics eindelijk zijn opwachting.
Peter en het Fringe-team gaan tot het uiterste in een poging levensbedreigende gebeurtenissen te stoppen.