Colter wordt gedwongen om samen te werken met zijn vervreemde broer Russell, die om hulp vraagt bij het opsporen van een voormalige legerkameraad die vermist raakte na een periode van paranoïde gedrag. De zaak dompelt de broers onder in de wereld van de Special Forces, duistere onofficiële projecten en samenzweringstheorieën. Tegelijkertijd worden ze geconfronteerd met het verleden van hun familie.
Alicia beweert genezen te zijn en wordt ontslagen uit het psychiatrische ziekenhuis Belle Reve. Eenmaal terug in Smallville probeert ze haar relatie met Clark nieuw leven in te blazen.