In het eerste deel van deze aangrijpende openingsaflevering van het seizoen vecht rechercheur Benson voor haar leven.
In de schokkende seizoensfinale zet een mysterieuze crimineel een gevaarlijke serie gebeurtenissen in gang.
Na de cliffhanger van vorig seizoen komen Mulder en Scully erachter dat ze niet de enigen zijn die wanhopig op zoek zijn naar hun verloren gewaande zoon, William. Het lot van de aarde hangt kan ervan afhangen.
Het onderzoek dat Mulder en Scully instelden met samenzweringstheoreticus en internetpresentator Tad O'Malley heeft krachtige vijanden doen ontwaken. Een wijdverbreide paniek verspreidt zich wanneer mensen door het hele land opeens ernstig ziek worden, en Scully moet diep van binnen zoeken naar een vaccin. Ondertussen confronteert Mulder de man van wie hij gelooft dat hij achter alles zit, maar ie
Wanneer een galerie die mogelijk aanstootgevende kunst tentoonstelde, wordt getroffen door een bomaanslag, zoeken Mulder en Scully naar een manier om te communiceren met een van de aanslagplegers, die in coma ligt, om zo een toekomstige nieuwe aanslag te voorkomen. Ondertussen dwingen enkele jongere FBI agenten die aan deze zaak werken Mulder en Scully om hun eigen overtuigingen onder de loep te n
