In de eerste aflevering van het derde seizoen vraagt Jane zich af of hij nog thuishoort in het team na zijn ontmoeting met Red John in het vorige seizoen.
Wanneer COVID-19 arriveert in St. Bonaventure, worstelt het hele team om de schade te beperken.
De behandeling van een held van de 11 september aanslagen dwingt dokter Rhodes en dokter Downey hun meningsverschillen opzij te zetten.
Wanneer Frank Bertinelli wordt gearresteerd, is het een kwestie van tijd voor zijn dochter, de Huntress, terugkeert. Sara (oftewel Canary) komt in actie als de Huntress mensen gijzelt – waaronder Laurel.
Acht weken na COVID boekt het St. Bonaventure-team kleine overwinningen – en lijdt opnieuw een groot verlies.