Uma adaptação original do romance de James Clavell, "Shōgun", da FX, decorre no Japão no ano de 1600, no início de uma guerra civil que definiu o século. O Senhor Yoshii Toranaga está a lutar pela vida enquanto os seus inimigos do Conselho de Regentes se unem contra ele. Quando um misterioso navio europeu é encontrado encalhado numa aldeia piscatória próxima, o seu piloto inglês, John Blackthorne, conhece segredos que poderiam ajudar Toranaga a inclinar a balança do poder e a arrasar a terrível influência dos próprios inimigos de Blackthorne: os padres jesuítas e os mercadores portugueses. Os destinos de Toranaga e Blackthorne tornam-se intrinsecamente ligados à sua tradutora, Toda Mariko, uma misteriosa nobre cristã e a última de uma linhagem desonrada. Enquanto serve o seu senhor no meio deste cenário político tenso, Mariko tem de reconciliar a sua nova companhia de Blackthorne, o seu compromisso com a fé que a salvou e o seu dever para com o falecido pai.