Kenshin es un vagabundo que recorre Tokio y conoce por accidente a Kaoru, una joven que busca a Hitokiri Battosai.

Finalmente Kenshin accede a quedarse en el dojo de Kaoru. Un día, haciendo recados por la ciudad, conocen a un joven llamado Yahiko.

Yahiko tiene problemas con un grupo de rateros y Kenshin acude en su ayuda. Eso hará que acabe uniéndose a la escuela de Kaoru.

Llega a la ciudad un hombre con una fuerza casi sobrehumana y amante de las peleas que se gana la vida como mercenario.

Kenshin y Zanza siguen con su duelo, presentándonos el pasado del beligerante joven y el motivo de su odio hacia los patriotas.

Un asesino conocido como "Sombrero Negro" está cazando patriotas, así que el comisario pide ayuda a Kenshin para capturarlo.