Efter åratal av att ha skyddats från den mänskliga världen tänker sköldpaddsbröderna vinna New York-bornas hjärtan och accepteras som vanliga tonåringar genom hjältemodiga handlingar. Deras nya vän April O’Neil hjälper dem att ta sig an ett mystiskt brottssyndikat, men det blir snart för mycket för dem när en armé av mutanter släpps lösa.