När Splinter för första gången låter Turtles besöka ytan så upptäcker de att de inte vet hur de ska samarbeta.

Ninja Turtles upptäcker att världen ovan ytan inte är så enkel som den först verkar.

Raphael tappar humöret när en oförskämd New York-bo filmar när sköldpaddorna slåss mot ett gäng Kraang-robotar. Sköldpaddorna måste få tag i det filmade materialet innan det hamnar i fel händer.

För att bevisa att skäldpaddor kan vara vänner med människor så går Michelangelo med i ett socialt nätverk på internet och skaffar sig en människovän. Men kan han verkligen lita på denna vän?

När sköldpaddorna smyger ut mot Splinters vilja så möter dom Baxter Stockman, en galen uppfinnare i en mekanisk stridsrustning.

Donatello är frustrerad över att han måste använda en enkel bo-stav för att slåss mot de teknologiskt avancerade Kraang, så han skapar Metalhead, en fjärstyrd robotsköldpadda som får ta hans plats.