Yugi och hans vänner är imponerade över farfars samling av Duel Monsters-kort men när den topprankade duellisten och hänsynslösa storpampen, Kaiba, kidnappar farfar för att få tag på det sällsynta Blue Eyes White Dragon-kortet, måste Yugi möta Kaiba i den slutgiltiga Duel Monsters-uppgörelsen och hämnas sin farfar!

Yugi och hans vänner tar en paus från att finslipa sina kortspelskunskaper för att se Weevil och Rex Raptor tävla i Duel Monsters regionala mästerskap. När Yugi öppnar ett paket från Duel Monsters skapare, Maximillion Pegasus är Yugi tvungen att möta honom i den mystiska skuggvärlden där alla monster och magi är på riktigt.

Yugi delar med sig en av sina Star Chips så att Joey kan gå ombord på båten som är på väg till Duelist Kingdom och duellera för att rädda sin systers syn samtidigt som Téa och Tristan blir fripassagerare för att åka med sina vänner.

När Yugi och hans vänner når Duelist Kingdom berättar Pegasus att det finns många underliga hemligheter på ön som kommer att göra hans slutgiltiga turnering olikt någon annan de varit med om. Men när Weevil börjar använda dessa mysteriska nya regler mot Yugi i en duell måste Yugi inte bara lista ut reglerna utan också bemästra dem om han ska kunna överleva!

Efter att Yugi besegrar Weevils första våg av Duel Monsters blir han chockad när han upptäcker att Weevil har ett sista knep att visa upp; en rovlysten jättefjäril som blir mäktigare för varje tur! Kan Yugi komma på ett sätt att förstöra den flygande jätten innan den utplånar honom?

När Joey söker efter en duellerande motståndare som han kan att vinna över godtar han en utmaning från veteranduellisten Mai. Men när Mai börjar visa en obehaglig psykisk-liknande förmåga blir Joey väldigt nervös och blir tvungen att ta reda på Mais hemliga strategi innan han blir offer för den!