Optimus Prime y los Autobots investigan el regreso de los Decepticons, mientras deben hacerse responsables de un grupo de jóvenes humanos se ven involucrados de forma involuntaria en su conflicto que data de hace millones de años.

Cuando reciben una débil señal de vida de Cliffjumper, los Autobots avanzan y se encuentran con Megatrón, que acaba de regresar y ha conseguido una misteriosa y poderosa sustancia... ¡el Energón Oscuro!

Bulkhead tiene la misión de rescatar al Agente Fowler, secuestrado por los Decepticon. Surgen complicaciones porque, sin que Bulkhead lo sepa, Miko lo acompaña.

Mediante el uso del Energón Oscuro, Megatrón reúne un ejército de guerreros muertos vivientes para luchar contra Optimus, mientras los demás Autobots inician un rescate riesgoso abordo de la nave de guerra de los Decepticons.

El último enfrentamiento se desata en la órbita de la Tierra cuando los Decepticons, con la ayuda del ejército de muertos vivientes de Megatrón, luchan contra los Autobots, y lo que está en juego es el destino de la Tierra.

Mientras Optimus Prime y Bumblebee se ponen en guardia contra Skyquake, Starscream se topa con situaciones que desafían su liderazgo en cada esquina.