S2, F11: Coulson und sein Team entdecken eine Alien Stadt, die scheinbar mit Coulsons Rückkehr von den Toten zu tun hat. Das Team beschließt die Stadt zu zerstören. Denn nur so können sie verhindern, dass die HYDRA-Anhänger die dort verborgenen Geheimnis aufdecken. Zwischen dem früheren S.H.I.E.L.D.-Agenten Ward und Agent 33 wird ein besorgniserregendes Bündnis geschlossen. Unterdessen entdeckt Skye die mysteriösen neuen Kräfte, die der Obelisk in ihr geweckt hat. Noch muss sie lernen, diese zu kontrollieren, sonst könnte sie die Menschen in Gefahr bringen, die ihr am nächsten stehen.