S1, F1: Ethan Burke ist Agent beim Secret Service. Zwei seiner Kollegen sind verschwunden. Nun soll er ermitteln, was passiert ist und wo sich die beiden befinden. Seine Recherchen führen ihn nach Idaho. In der Nähe des verschlafenen Städtchens Wayward Pines baut er einen schrecklichen Autounfall. Ethan sieht danach zwar ziemlich übel zugerichtet aus, überlebt den Crash allerdings. Viel schlimmer erscheinen ihm schon bald dieser seltsame Ort und seine Bewohner. Irgendetwas stimmt hier nicht…