Ethan Burke ist Agent beim Secret Service. Zwei seiner Kollegen sind verschwunden. Nun soll er ermitteln, was passiert ist und wo sich die beiden befinden. Seine Recherchen führen ihn nach Idaho. In der Nähe des verschlafenen Städtchens Wayward Pines baut er einen schrecklichen Autounfall. Ethan sieht danach zwar ziemlich übel zugerichtet aus, überlebt den Crash allerdings. Viel schlimmer erscheinen ihm schon bald dieser seltsame Ort und seine Bewohner. Irgendetwas stimmt hier nicht…

Nachdem Agent Bill Evans in einem verlassenen Haus gefunden wurde, versucht Ethan mit Hilfe von Beverly, weitere Hinweise zu finden. Unterdessen beschließen Theresa und Ben nach Idaho zu fahren, um nach Ethan zu sehen. Dieser findet heraus, warum die Bewohner von Wayward Pines immer an ihre Telefone gehen müssen…

Nach Beverlys “Abrechnung” auf dem Marktplatz ist Ethan, über Kates Teilnahme an dem ruchlosen Akt, geschockt. Trotz des Drangs, einen Weg aus Wayward Pines zu finden, lässt sich Peter vom Makler Peter McCall die Schlüssel für ein neues Haus übergeben. Unterdessen fahren Theresa und Ben nach Idaho, um Ethan zu finden, der schon wieder mit Sheriff Pope aneinander gerät.

Nach Burkes Zusammentreffen mit Sheriff Pope, eilen die beiden zurück in die Stadt und müssen feststellen, dass Ethan eine neue Führungsrolle in Wayward Pines übernommen hat. In seiner neuen Rolle soll Ethan mit Peter McCall abrechnen, einem „Verräter“, der Graffitis auf die Hauptstraße gemalt hat. Ben hat unterdessen seinen ersten Schultag, bei dem er Privatunterricht von Megan Fisher bekommt…

Ethan wagt sich aus Wayward Pines raus und ist über die damit verbundene Entdeckung schockiert. Theresa hat unterdessen einen potentiellen Kunden – dieser ist allerdings genauso verwundert über die Stadt wie sie selbst. Ben erfährt derweil die Wahrheit über Wayward Pines von seiner Lehrerin Megan Fisher.

Ethan lernt das Personal und die Räumlichkeiten kennen, welche sich Tag um Tag um Wayward Pines kümmern und erfährt mehr über die Geschichte der Stadt und wie ihre Einwohner dort gelandet sind. Unterdessen findet Theresa im Maklerbüro eine Karte mit ungewöhnlicher Landschaft, die sie erkunden gehen möchte. Kate und Harold planen eine verdeckte Operation.