Você pode não acreditar... Mas este mundo morreu há muito tempo. A Terra morreu mil anos atrás, e um lendário relojoeiro conhecido apenas como "Y" a reconstruiu usando apenas mecanismos de relógios. Naoto Miura, um estudante de colegial incompetente, encontra RyuZU, um autômato deixado por "Y", e a genial relojoeira Marie. Com a união das habilidades do trio, as engrenagens do destino começam a girar. Os três trabalham para consertar o "Clockwork Planet", num ciclo de falhas e sucessos que se repete sem parar nesta fantasia clockpunk!