Na escola Akane os alunos são pessoas escolhidas por terem a memória de sua vida passada, tornado-as capaz de utilizar suas armas e poderes antes usados. Haimura Moroha é um desses alunos especiais, mas ele ainda não conseguiu lembrar de muita coisa até então. Ranjou Satsuki, que foi a irmã mais nova de Moroha em sua vida passada parece ser a chave para que Moroha possa usar de novo seus poderes e enfrentar poderosos inimigos, os Metaphysicals.

Moroha e Shizuno agora fazem parte dos Strikers e Satsuki está frustrada pela sua falta de habilidade, pois não foi aceita também. No fim de semana ela sai para fazer compras com Shizuno e acaba tendo que enfrentar um Metaphysical, mas não é um inimigo comum.

A expectativa de existir mais um Rank S chama a atenção do presidente da organização inglesa, que vai atrás de Moroha para testá-lo, mas os planos do irmão de Shizuno são outros. Tentando aproveitar a falta de informações do que realmente aconteceu na luta contra o Metaphysical classe Dreadnought, ele quer que Shizuno leve parte dos créditos dessa participação e obter mais poder político, mesmo custando a liberdade de sua irmã. Moroha decide libertar Shizuno de um destino indesejado.

Moroha e seu grupo vão para um acampamento de verão para treinarem. Satsuki está decidida a ser mais rápida que Momo, mas sabe que isso não vai ser tão simples. Mas sua intenção é ser capaz de se manter ao lado de Moroha.