A agente do FBI Audrey Parker viaja para a cidadezinha de Haven, no Maine, para investigar a morte de um ex-detento, mas descobre que alguns moradores têm poderes sobrenaturais.

Audrey permanece em Haven para descobrir a identidade da mulher que aparece numa antiga foto de jornal; Nathan investiga uma série de incidentes que envolvem borboletas, fenômenos sobrenaturais e a estranha família de um reverendo.

Audrey e Nathan investigam um hospital psiquiátrico que virou um caos quando os pacientes escapam, e os médicos perdem a cabeça. A situação piora quando o caos atinge o resto da cidade.

Ao tentar se estabelecer em Haven, Audrey se envolve em um novo mistério: algo está envenenando e destruindo a comida da cidade.

Audrey e Nathan investigam uma revolta no hospital psiquiátrico local onde algo fez com que os pacientes fossem curados, mas levou um médico à loucura. A situação deles piora quando mais e mais pessoas começam a enlouquecer pela cidade.

Caçadores locais começam a aparecer mortos pelo que parecem ser ataques de animais; Audrey e Nathan suspeitam que os animais se tornaram vorazes caçadores e decidem investigar uma mulher que defende o direito dos animais.