Ryuko chega à Academia Honnouji, onde a tirana Satsuki e seus leais súditos da Elite Quatro mantêm a instituição sob domínio total.

Enfraquecida depois de uma batalha, Ryuko foge da Academia e desmaia na rua. Após ser resgatada, ela retorna e enfrenta Omiko Hakodate.

Ryuko descobre o segredo por trás do poder de Senketsu e dos uniformes Goku. Enquanto isso, Satsuki Kiryuin retorna para casa para obter um novo poder.

Sirenes despertam os alunos sem estrelas para o "Dia sem Atraso", durante o qual quem se atrasa acaba sendo expulso da Academia Honnouji.

Um homem misterioso chega à Academia Honnouji e rapidamente prova ser capaz de enfrentar um uniforme Goku de duas estrelas. Agora é Ryuko que está sob sua mira.

Abalada pelos recentes acontecimentos, Ryuko exige respostas de seu professor, Aikuro Mikisugi. Uzu Sanageyama desafia Ryuko para um duelo.