Baseado no mangá original escrito e ilustrado por Takuma Morishige, Tonari no Seki-kun: O Mestre de Matar Tempo se foca na estudante Rumi Yokoi e em seu enigmático vizinho de mesa, Toshinari Seki. Embora Seki esteja sempre brincando com jogos elaboradíssimos em sua mesa, em vez de prestar atenção às aulas, de alguma forma, nunca o pegam no flagra e Rumi acaba observando todos os métodos que ele tem de ficar vadiando durante as aulas.