Jubileu é atacada por robôs chamados Sentinelas em um comércio local, mas é salva por Tempestade e Vampira e levada à Mansão X para sua segurança. Os X-Men descobrem que o grupo que lidera o Programa de Registro de Mutantes pretende rastrear e eliminar mutantes. Mais tarde, os X-Men encontram a base de Sentinelas e se infiltram nela para destruir os arquivos sobre mutantes. O episódio acaba em um desfecho dramático quando Tempestade abre a porta de uma sala onde soldados armados estão escondidos para uma emboscada contra os X-Men.

Wolverine sente o cheiro do óleo das armas dos soldados e rapidamente fecha a porta antes que abram fogo, e Tempestade então os aniquila com seu poder de vento. Depois de destruir os arquivos sobre os mutantes, os X-Men escapam para o Pássaro Negro, mas são parados pelos Sentinelas. Durante o combate, Morfo é atingido e tido como morto. Enquanto Fera é arremessado contra uma cerca elétrica e capturado, o restante do grupo retorna ao Pássaro Negro sob o comando de Ciclope. Jubileu decide ficar na Mansão X.

Depois do julgamento de Fera, Dentes-de-Sabre exige que Fera seja libertado, incentivando os guardas a atirarem e ferirem a si próprio. Ciclope ajuda Dentes-de-Sabre e o leva à enfermaria da Mansão. Magneto ataca uma base militar de mísseis. Quando os X-Men chegam, Magneto prepara o lançamento de mísseis nucleares para iniciar uma guerra entre mutantes e humanos. Ciclope, Tempestade e Wolverine se confrontam com Magneto, mas não conseguem pará-lo. Tempestade então usa rajadas de vento e raios para causar um curto-circuito nos mísseis, desativando e lançando eles à água. Depois de evitarem uma guerra nuclear, os X-Men voltam para a Mansão tendo aprendido uma lição sobre o real poder de Magneto.

Magneto destrói uma fábrica de produtos químicos para atrair o Professor Xavier. Ciclope, Vampira, Tempestade e o Professor se encaminham à fábrica, enquanto Jubileu permanece com Dentes-de-Sabre. O Professor Xavier entra na instalação para confrontar Magneto. Assim que Magneto parece vencer o Professor, Xavier usa telepatia para forçá-lo a relembrar seus anos de juventude, e Magneto, em pânico, bate em retirada. De volta à Mansão X, Dentes-de Sabre ruge com desgosto contra o senador na televisão e Jubileu percebe um problema com as amarras nos pulsos de Dentes-de-Sabre. Jubileu desamarra os pulsos de Dentes-de-Sabre, que captura Jubileu, mas Wolverine aparece das sombras e o ataca. A luta dos dois é interrompida com a volta do Professor X e de outros X-Men.

Um grupo de mutantes chamados Morlocks capturam Jean e Ciclope durante uma saída. Callisto, líder dos Morlocks, sequestrou Ciclope para que ele liderasse os Morlocks ao seu lado. Jean usa seus poderes telepáticos para comunicar ao Professor que haviam sido capturados, e Wolverine, Gambit, Vampiro e Tempestade saem à sua procura. Quando os X-Men encontram Jean e Ciclope, Tempestade desafia Callisto para liderar os Morlocks para salvar Ciclope e Jean. Callisto não tem escolha, mas aceita o desafio. Depois de uma breve luta, Tempestade derrota Callisto e se torna a nova líder dos Morlocks, mas, tendo salvado Jean e Ciclope, ela decreta Callisto como líder em sua ausência.

Wolverine viaja ao Canadá para se isolar nas florestas canadenses. Ele encontra paz junto aos inuítes da Ilha de Baffin, apenas para descobrir que Dentes-de-Sabre estava em seu encalço e sequestrou os habitantes do vilarejo, pretendendo matá-los. Wolverine consegue derrotar Dentes-de-Sabre e resgata os aldeões. De volta à Mansão X, Gambit diz aos X-Men que soube que os habitantes de Genosha estavam recepcionando mutantes e sugere que a equipe passe férias lá. O Professor Xavier envia Tempestade, Gambit e Jubileu para Genosha como turistas. Lá, Tempestade, Gambit e Jubileu são atacados e capturados por um Sentinela.