A Parigi, la pace di Ziva, Tony e Tali è spezzata quando un hacker ruba soldi all'Interpol e a un ospedale, incastrando Tony. In fuga, lui e Ziva scoprono una donna dietro il complotto.

Tony e Ziva fuggono a Milano con Boris, creatore del 9.4. Lì vengono assaliti da decine di auto killer e scoprono che il prossimo obiettivo del minicomputer sarà la Reigning Fire.

Tony e Ziva cercano di fermare l'attacco del 9.4 alla Reigning Fire, ma vengono di nuovo accusati ingiustamente. In fuga, si rifugiano nello chalet della nuova fiamma di Tony, scontrandosi però con il marito poliziotto.

Un finto matrimonio, carcerati reclutati, Martine ingannata. Pierre rapisce Fruzsi, Ziva all'altare, Tony finge di essere Henry. Henry arriva davvero: caos. Fuga in battello, bacio finale.

Tony e Ziva scoprono che Jonah è il vero nemico. Henry viene ucciso, Tali e Sophie rapite. Il salvataggio si trasforma in una corsa disperata contro un piano studiato nei minimi dettagli.

Un orologio rivela la posizione di Tali e Sophie. Pierre le trova, Tali salva Sophie, la quale fa fuori Pierre. Tony e Ziva arrivano a cose fatte. Il virus Nove-punto-Quattro è nelle mani della Reigning Fire.