Am Rande des Föderationsraumes entdeckt die Crew der USS Shenzhou ein unbekanntes Objekt, dass sich als Schiff der Klingonen entpuppt. Als der erste Offizier Michael Burnham bei einer Untersuchung einen sie angreifenden Klingonen tötet, ruft dies den Revoluzzer T’Kuvma und seinen Verbündeten, den Außenseiter Voq, auf den Plan, die aus Angst vor einer kulturellen Vernichtung durch die expandierende Föderation die 24 Häuser ihrer Heimatwelt wiedervereinigen wollen, um in den Krieg zu ziehen. Burnham sieht es als notwenidig an, die Klingonen sofort militärisch in ihre Schranken zu weisen, was aber dem Föderationsideal entgegenlaufen würde …

Die Situation eskaliert: die wiedervereinigten Klingonenhäuser gehen gegen die Föderation vor und demonstrieren ihre Macht unter anderen dadurch, dass die getarnte Schiffe gegen die der Shenzhou zu Hilfe kommenden Raumschiffe der Sternenflotte einsetzen. Durch eine List gelingt es Burnham und Captain Georgiou auf das Flagschiff der Klingonen zu gelangen, um T’Kuvma festzunehmen. Doch es läuft nicht alles nach Plan und schon bald muss sich Burnham für ihre Taten verantworten.

Sechs Monate nach ihrer Verurteilung findet sich Burnham durch eine Verkettung von Ereignissen an Bord der USS Discovery wieder, wo sie von Captain Garbriel Lorca dazu aufgefordert wird, sein Wissenschaftsteam zu verstärken. Als auf dem Schwesterschiff der Discovery ein fehlgeschlagenens Experiment für den Tod der gesamten Besatzung verantwortlich ist und Burnham und die anderen Mitglieder des Außenteams dort von einer monströsen Kreatur angegriffen werden, setzen sich die Puzzleteile immer weiter zusammen und Burnham wird klar gemacht, dass sie auf der Discovery die Möglichkeit erhalten könnte, den Krieg zu beenden, der auch dank ihr losgebrochen ist.

Voq tut alles dafür, um dem geistigen Erbe von T’Kuvma gerecht zu werden. Dummerweise sehen andere Klingonenhäuser die Idee des Zusammenschlusses anders als er. Burnham kommt derweil dem Geheimnis der Kreatur auf den Grund, dass an Bord der USS Glenn für Schrecken sorgte – es könnte ein integraler Bestandteil des Sporenantriebes sein. Und der sollte alsbald funktionieren, denn einer Dilithiummine der Föderation droht die komplette Vernichtung durch eine nahende Klingonen-Armada.

Captain Lorca wird von Klingonen entführt und trifft in seiner Zelle auf den engagierten Lt. Ash Tyler und den undurchsichtigen Harry Mudd. Die Discovery unter dem vorläufigen Captain Saru soll Lorca aufspüren, doch der Tardigrade scheint die vielen Sprünge nicht gut zu verkraften. Bei Burnham, Tilly und Stamets regt sich Mitgefühl mit der Kreatur und sie suchen nach einem anderen Weg, den Sporenantrieb zu nutzen – doch die Zeit drängt …

Botschafter Sarek soll als Mittelsmann zwischen den Klingonen und der Föderation vermitteln. Auf dem Weg zum neutralen Verhandlungsort wird sein Schiff allerdings von „Logik-Extremisten“ sabotiert und treibt fortan schwer beschädigt in einem Nebel, den die Scanner der Discovery nicht durchdringen können. Michael versucht ihren Adoptivvater mithilfe einer vulkanischen Technik aufzuspüren, was allerdings mit einer schmerzlichen Reise in ihrer beider Vergangenheit verbunden ist. Admiral Katrina Cornwell hat derweil Zweifel, ob Lorca wirklich imstande ist, die Discovery zu führen.