S2, F1: Agent Coulson und sein Team stehen jetzt auf der Fahndungsliste und müssen ihren Kampf gegen Hydra im Untergrund fortsetzen. Während sie damit umgehen müssen, dass die US-Regierung hinter ihnen her ist, steht der nächste Einsatz an: Sie müssen den Obelisken aufspüren, ein Artefakt, das Hydra unermessliche Macht verleihen könnte.