Die Studentin Sydney Bristow führt als internationale Spionin ein geheimes Doppelleben. Dies gefährdet auch den Heiratsantrag ihres Freundes, Dr. Daniel Hecht. Zudem findet sier heraus, dass es neue Dinge über rätselhafte Menschen in ihrer Nähe gibt.
Sydney will in kurzer Zeit das SD-6 vernichten, doch ist es größer, als ihr bewusst ist. Derweil trauert sie um ihren verstorbenen Verlobten Danny, während Will einige rätselhafte Hinweise in dessen Mordfall herausfinden kann.
Sloane schickt Sydney und Dixon nach Madrid, um eine Blackbox zu stehlen. Die Box enthält eine Skizze, die ein digitaler Code aus dem 15. Jahrhundert zu sein scheint und von einem Philosophen namens Milo Rambaldi gemalt wurde.
Sydney und Anna lernen den geschriebenen Binärcode von Milo Rambaldi komplett auswendig. Außerdem werden Sydney und Dixon auf eine Mission geschickt, bei der es um eine Verschwörung geht. Francie glaubt, dass ihr Freund sie betrügt.
Will erzählt Francie, dass er im Fall von Dannys Mord ermittelt. In der Zwischenzeit gerät Sydneys Leben in Gefahr, als Agent Sloane einen Mann verdächtigt, ein Verräter zu sein. Außerdem findet Will neue Anhaltspunkte im Mordfall von Daniel Hecht.
Sydney beginnt zu glauben, dass Jacks verdächtige Aktivitäten für den Tod ihrer Mutter vor 20 Jahren verantwortlich waren, was zu einer noch angespannteren Beziehung zwischen den beiden führt. Unterdessen setzt sie ihre Arbeit als Doppelagentin...
Jennifer Garner
Sydney Bristow
Victor Garber
Jack Bristow
Carl Lumbly
Marcus Dixon
Ron Rifkin
Arvin Sloane
Kevin Weisman
Marshall Flinkman