In einem Raum ohne Fenster wurde auf unerklärliche Weise ein Häftling von einem Scharfschützen erschossen. Ein Angestellter des Verteidigungsministeriums wendet sich an Psychiater Dr. Leigh Rosen. Rosen ist der Kopf eines Teams von Alphas, einer Gruppe von Menschen mit übernatürlichen mentalen und physischen Fähigkeiten. Schnell wird klar, dass es sich beim Schützen nur um ein Mitglied einer feindlichen Gruppe von Alphas handeln kann. Doch dem verdächtigten Cameron Hicks fehlt jegliche Erinnerung. Es scheint, als wurde er durch Gehirnwäsche manipuliert.

Marcus, ein ehemaliger Patient von Dr. Rosen (David Strathairn), hat die Fähigkeit, eine Kettenreaktion von Ereignissen auszulösen, die zu einem gewünschten Ausgang führen. Er flieht aus Binghamton, einer Einrichtung, in der Alphas interniert und ausgebildet werden. Diese Flucht veranlasst Rosen, seine brüchige Verbindung zur Regierung zu überdenken. Gleichzeitig muss er sich mit einer neuen Kontaktperson anfreunden (Valerie Cruz). Unterdessen versuchen die anderen einfach nur, ihr Leben auf die Reihe zu bekommen.

Dr. Lee Rosen (David Strathairn) arbeitet mit einem Team aus Alphas. Das sind außergewöhnliche Menschen, die das menschliche Gehirn zu unglaublichen Leistungen bringen können. Im Auftrag des Verteidigungsministeriums untersucht das Team einen äußerst seltsamen Mord. Sie finden heraus, dass der Täter überhaupt nichts von dem Verbrechen weiß, dass er begangen hat. Und schnell wird klar, dass sie es mit einer Gruppe extremistischer Alphas zu tun haben. Während sie ein neues Mitglied in ihrem Team einarbeiten, müssen sie - ohne Hilfe von außen - verhindern, dass die Extremisten weitermorden. Teil 2 von 2.

Nachdem ein Anschlag auf das Leben von Dr. Rosen (David Strathairn) verübt wurde, zieht das Team zusammen mit dem neuen Kollegen Hicks (Warren Christie) in andere Räumlichkeiten. Während man sich noch eingewöhnt, kommt es an der Ostküste zu einer Reihe von Krawallen. Die einzige Gemeinsamkeit bei den Vorkommnissen ist ein Jugendlicher, der so viele Pheromone ausschüttet, dass die Menschen in seiner Umgebung gewalttätig werden. Rosens Team muss den Alpha aufhalten, ohne selbst die Kontrolle zu verlieren.

Dr. Rosen (David Strathairn) und das Team geraten in einen Hinterhalt der Extremisten. Dabei lernen sie Alphas mit unglaublichen Fähigkeiten kennen. Nachdem sie fliehen können, verbindet sich Gary (Ryan Cartwright) mit Anna, die von den Extremisten gefangen gehalten wird. Sie ist eine Autistin mit der Fähigkeit, alle Sprachen zu verstehen. Damit ist sie eine große Hilfe für das Team. Denn sie findet heraus, dass ein großangelegtes Attentat geplant ist, das die Existenz der Alphas bedroht.

Eine Ermittlung führt die Alphas nach Pennsylvania, wo der Vertrauenslehrer einer High-School völlig überraschend dem Zerfall seiner Organe erlag. Doch der Lehrer ist nur eine von vier Personen in der Gegend, die auf rätselhafte Weise zu Tode kamen. Es scheint als hätten alle unter schweren Entzugs- oder Abhängigkeitssyndromen gelitten – aber wovon? Um eines der Opfer, Chris, in einer Autopsie untersuchen zu dürfen, braucht es das Einverständnis seiner Mutter Jessica. Rachel versucht das Vertrauen der Frau zu gewinnen und begibt sich damit selbst in Gefahr.