Sechs Fremde erwachen in den Stasiskammern eines Raumschiffs, können sich jedoch nicht daran erinnern, wer sie sind oder was sie dort machen. Nur langsam enthüllen sich ihre Spezialgebiete und Fähigkeiten während sie sowohl dem Zielort als auch dem Zweck ihrer Mission immer näher kommen. Dabei werden die Fragen, wer sie sind und was sie auf diesem Schiff machen, nur langsam und stückweise beantwortet und die Wahrheit, die ihnen der Schiffsandroid offenbart, ist schockierender als sie es für möglich halten.

Im direkten Anschluss an den ersten Teil der Pilotepisode versucht die sechsköpfige Crew inklusive der Schiffsandroidin, die schockierenden Informationen über ihre Identitäten zu verarbeiten. Piraterie, Diebstahl und Mord. Diese Dinge hat fast die gesamte Crew gemeinsam, denn sie alle scheinen nicht die Sorte von Umgang zu sein, die ein aufrechter Bürger pflegen würde. Als Söldner von einem Großkonzern angeheuert, um die Arbeiter eines kleinen Minenplaneten auszulöschen, müssen sie sich entscheiden, ob sie ihren Auftrag ausführen. Schließlich wäre es keine gute Idee, sich einen neuen mächtigen Feind zu schaffen.

Als Five (Jodelle Ferland) bei ihrer Erkundung des Schiffs die Leiche eines Jungen entdeckt, sorgt dieser Fund des jüngsten Crewmitglieds für weiteres Unbehagen und Misstrauen innerhalb der Gruppe, da möglicherweise einer von ihnen für die tödliche Schusswunde verantwortlich ist. Außerdem kommt ihr Wissen über die Manipulation der Stasiskammern ans Licht - und die Tatsache, dass sie die Erinnerungen der anderen träumt, die womöglich in ihr Unterbewusstsein transferiert wurden. Damit einher geht auch die Erkenntnis, dass der Gedächtnisverlust sehr wahrscheinlich absichtlich von einem Crewmitglied hervorgerufen wurde. Doch all das gerät in den Hintergrund, als das Schiff einen unverhergesehen Stopp macht, hinter dem die Crew Sabotage vermutet.

Nacheinander haben alle mit nicht unwesentlichen Komplikationen zu kämpfen. One (Marc Bendavid) und Three (Anthony Lemke) haben die Aufgabe, die Waffenladung auf dem Schwarzmarkt zu verhökern und dürfen dabei auch ihre Fähigkeiten als Team ein wenig ausbauen, denn sie machen gemeinsam die unangenehme Bekanntschaft mit Ones Doppelgänger Jace Corso.

Um verlassen wirkende Raumschiffe mit „Horizon“ im Namen sollte man anscheinend eher einen Bogen machen. Um sich mit ihrem ehemaligen Auftraggeber wieder gut zu stellen, nimmt die Crew der Raza eine Bergungsmission an, die sie auf den ramponierten Frachter Far Horizon führt. An Bord des Schiffes erwarten sie zu ihrer Überraschung die hungrigen und aggressiven Crewmitglieder des unheimlichen Kreuzers, die offensichtlich aufgrund eines Virus' in das Lager der „vermindert Lebenden“ hinübergewechselt sind.

Mit Episode Six erforscht Dark Matter eine komplette Episode lang die Hintergrundgeschichten seiner Figuren. Dabei geht Five (Jodelle Ferland) auf Erkundungstour in den Erinnerungen der Crew, die in ihrem Gehirn gespeichert sind. Um an Informationen zur verschlossenen Tresortür zu gelangen, modifiziert Five zusammen mit der Androidin (Zoie Palmer) medizinisches Equipment, damit sie sich auf eine Reise in ihre und die Erinnerungen der anderen Crewmitglieder begeben kann. Der erste Stopp ist dabei die Vergangenheit von Four (Alex Mallari Jr.), der als Thronfolger unter strenger Aufsicht seines Vaters (Hiro Kanagawa) aufwuchs.