Nils lebt mit seinen Eltern auf dem Land. Der 12-jährige Junge hat vor allem Flausen im Kopf und träumt unablässig vom Fliegen. Am liebsten bastelt er an seinen selbst entworfenen Modellflugzeugen herum. Als ihn seine Eltern für eine Weile allein lassen, denkt er gar nicht daran, sich um den Hof zu kümmern. Obwohl er weiß, dass ein Fuchs in der Gegend lauert, repariert er den Zaun nicht. Und anstatt die Tiere zu füttern, jagt er sie verärgert davon, weil sie ihn immer wieder bei der Arbeit an seinen Flugzeugen stören. Missmutig wird Nils vom alten Athanor beobachtet. Der weise Elf möchte dem verantwortungslosen Jungen gern eine Lektion erteilen. Doch Nils kann man nicht so leicht belehren. Geschickt fängt er den kleinen, mächtigen Magier und verlangt, dass er ihm für seine Freilassung einen Wunsch erfüllt: Nils will fliegen können. Athanor macht diesen Wunsch wahr, indem er Nils kurzerhand auf Elfengröße schrumpft. Auf dem Rücken von Martin, dem unbeholfenen, aber gutmütigen Gänserich, soll Nils die Welt aus der Vogelperspektive kennen und besser verstehen lernen. Zum ersten Mal ist der Junge den Tieren nicht mehr überlegen. Als der Fuchs Smirre auftaucht und angreift, schafft Nils es nur mit Martins Hilfe, den nimmersatten Kerl in die Flucht zu schlagen. Die Wildgänse, die während ihrer Reise in den Norden auf dem Hof rasten, beobachten das wohlwollend. Martin verguckt sich sofort in eine hübsche Gans aus der Schar. So gelingt es Nils, den ängstlichen und flugscheuen Gänserich zu überzeugen, das bequeme Leben auf dem Hof hinter sich zu lassen und den Wildgänsen zu folgen. Die wunderbare Reise des kleinen Nils Holgersson beginnt.

Nils und Martin wollen sich den Wildgänsen auf ihrer Reise anschließen. Akka, die erfahrene Anführerin der Schar, zeigt sich allerdings skeptisch - einen übermütigen Querkopf wie Nils kann sie in ihrer Formation nicht gebrauchen. Durch ein gewagtes Flugmanöver hat er bereits dafür gesorgt, dass Daunenfeins Flügel verrenkt ist und alle die Nacht an einem unsicheren Strand verbringen müssen. Nils versucht seinen Fehler wieder gut zu machen, indem er für den Flügel der verletzten Gans eine Schiene baut. Am frühen Morgen lauert der hinterlistige Smirre der schlafenden Gruppe auf. Obwohl Nils und die Gänse ihn zu vertreiben wissen, gelingt es dem Fuchs, Daunenfein in seine Gewalt zu bringen. Er benutzt sie als Köder, um auch die anderen in eine Falle zu locken. Zwischen Nils und Akka entspinnt sich ein kleiner Machtkampf um die bessere Rettungstaktik: Während sich der gewitzte Junge auf festem Boden besser auszukennen scheint, gilt Akka in der Luft als unbestrittene Chefin. Letztlich arbeiten alle zusammen, um Daunenfein zu befreien. Es gelingt! Nicht nur Gorgo, ein verrückter Adler, der einst von Akka adoptiert wurde und sich nun für eine Wildgans hält, sondern auch der unbeholfene Martin, der ein Auge auf Daunenfein geworfen hat, spielen dabei eine wichtige Rolle. Akka stimmt auf Bitten ihrer Schar zu, dass Nils und sein Hausgänserich vorerst mit ihnen fliegen dürfen - unter der Bedingung, dass Nils in Zukunft ihren Anweisungen folgt und mehr Rücksicht auf die Gruppe nimmt.

Erschöpft und hungrig trifft die Schar an einem Strand auf die verrückte Frieda. In ihrer Jugend sind Akka und sie gemeinsam unterwegs gewesen. Nils staunt nicht schlecht, als er erfährt, dass Akka früher selbst eine Draufgängerin war und nie auf ihre Leitgans hören wollte. Sie hat sogar einen gefährlichen Stunt erfunden, um einen riesigen Luftwirbel zwischen den Klippen am Strand zu bezwingen. Natürlich ist Nils sofort Feuer und Flamme. Zumal genau dort ein verlassenes Boot gestrandet ist, auf dem kistenweise Kekse lagern. Um den Hunger der Schar zu stillen, will er Akkas Trick unbedingt lernen, aber Akka weigert sich und verbietet ihm sogar, in die Schlucht zu fliegen. Jetzt, wo sie älter ist und schon viele Jahre selbst die Verantwortung trägt, will sie kein Risiko mehr eingehen. Die unbesorgte Frieda sieht das Ganze nicht so eng. Sie besteht darauf, Nils und Martin für den Wirbelschleuder-Stunt zu trainieren - obwohl sie die Schlucht nur aus Erzählungen kennt. Als Akka davon Wind bekommt, macht sie sich sofort auf den Weg, um ihre Schützlinge selbst anzuleiten. Gemeinsam vollführen sie den halsbrecherischen Trick und lassen es für alle Kekse regnen.

Als die Gänseschar von Adlern angegriffen wird, müssen Martin und Daunenfein in eine Höhle fliehen. Doch Nils hat einen Plan: Gorgo soll die lauernden Adler ablenken und von der Höhle weglocken. Doch Gorgo, der sich für eine Wildgans hält, fürchtet sich sehr vor den Adlern.

Nils begegnet dem taffen Elfenmädchen Lina. Seit Tagen ist sie mit ihrem Wiesel auf der Suche nach dem Versteck des Dunklen Elfen, wo ihr Großvater gefangen gehalten wird. Nils bietet ihr sofort seine Hilfe an, aber er hat nicht mit Akkas Widerstand gerechnet. Die ist nur daran interessiert, pünktlich den nächsten Landeplatz für die Schar zu erreichen und verbietet dem Jungen, sich in die Angelegenheiten der Elfen einzumischen. Doch Nils wäre nicht Nils, wenn er auf sie hören würde. Martin plagen wie üblich Ängste und Zweifel, aber als treuer Freund lässt er sich zur gemeinsamen Mission überreden. Auf dem Rücken des Gänserichs finden Lina und Nils endlich den richtigen Zugang zum Reich des Dunklen Elfen. In seiner unterirdischen Höhle hortet der Fiesling magische Gegenstände, die er den anderen Elfen stiehlt, um ihre Zauberkraft zu erlangen. Jetzt hat er es auf die Macht von Linas Großvater abgesehen. Nils stellt überrascht fest, dass es sich dabei um den alten Athanor handelt - der Elf, der ihn in einen Winzling verwandelt hat! Gemeinsam schaffen sie es, sich aus den Fängen des Dunklen Elfen und seiner Krähe Krobak zu befreien. Lina ist froh, in Nils einen neuen Freund gefunden zu haben und sie beschließen, sich bald wiederzusehen. Akka verzeiht ihm allerdings nicht so leicht, dass ihr Flugplan durcheinandergeraten ist. Doch zum Dank für seine Rettung erfüllt Athanor Nils einen Wunsch. Alle sind erstaunt, als Nils sich nicht zurück verwandeln lässt, sondern den Wind-Magier darum bittet, für eine zügige und sichere Ankunft der Schar an ihrem nächsten Landeplatz zu sorgen.

Die Schar gerät in ein Unwetter. Akka ist schnell alarmiert, während Nils immer noch begeistert seine Runden mit Martin dreht und den aufbrausenden Wind für Tricks nutzt. Erst der Beginn eines Tornados flößt Nils Respekt ein. Er schlägt vor, sich in einem Leuchtturm zu verschanzen, doch Akka zieht eine näher gelegene Holzhütte vor. Von Nils Warnungen, dass die Hütte nicht stabil genug sei, will sie nichts wissen. Sie besteht auf ihre Entscheidung als Leitgans. Doch wsie von Nils prophezeit fegt der starke Wind den leichten Holzbau im Nu weg. Ratlos überlässt Akka dem Jungen das Kommando und bittet ihn, die Schar in Sicherheit zu bringen. Nils bewahrt einen kühlen Kopf und führt die Gänse allen Hindernissen zum Trotz ins Innere des Leuchtturms. Als Akka wieder die Führung übernehmen will, weigert sich Nils das Kommando abzugeben. In der Annahme der Tornado sei vorüber, will er weiterziehen und öffnet eine Tür nach draußen. So wird Akka mitten in das Auge des Sturms gerissen. Erst in letzter Minute kann Nils sie retten. Der Schock sitzt tief. Doch Akka verzeiht ihm schnell, da sie ihm trotz allem ihr Leben verdankt.