Conoceremos a Ryuko Matoi, una jovencita de carácter muy fuerte que está decidida a encontrar el origen de un objeto que lleva consigo. Para ello tendrá que llegar a un misterioso pueblo e inscribirse en su principal escuela. Allí se topará con algunas personas extrañas pero muy poderosas, a las que tendrá que encarar si decide seguir manteniendo su carácter.

Ryuko aprende un poco de cómo funciona la sociedad y el control que ejerce la Academia Honnouji con Satsuki a la cabeza. Ryuko vuelve a la escuela para enfrentarla, pero se ve obligada a jugar un violento partido de tenis.

Habiendo cumplido su parte del trato, Ryuko exige a su profesora, Aikuro Mikisugi, que le dé respuesta. Así descubre el secreto tras el poder de Senketsu y los Uniformes Goku. Satsuki Kiryuin vuelve a casa para reclamar su poder.

En la Academia Honnouji cada tanto se celebra un evento en el que los alumnos Sin Estrella deben llegar antes de cierta hora a la escuela, superando un gran número de trampas puestas por el comité disciplinario. Ryuko deberá hacerlo sin Senketsu, quien está siendo lavado.

Un misterioso hombre ataca a Ryuko, con el fin de que deje de vestir a Senketsu. Por otro lado, sigue sufriendo los constantes ataques por parte de los miembros de los distintos clubes de la academia.

Esta vez Ryuko se enfrentará a uno de los Cuatro de Élite, Sanageyama, un viejo conocido de Satsuki que domina el kendo.