James Hiroyuki Liao

L'unité de Spencer va s'auto-noter pour évaluer le meilleur élément dans un fonctionnement en équipe, mais lui pense qu'on veut en fait savoir qui est le plus indépendant, et il finit parmi les derniers, ce qui le force à remettre en question toute son approche. Pendant ce temps, l'unité de Jason doit s'occuper d'une usine bactériologique en Syrie, mais la situation est explosive et ils se retrouveront isolés derrière la frontière.

Le meurtre d'un des bienfaiteurs de l'Institut Jefferson mobilise l'équipe, et particulièrement Hodgins, dont l'épouse du défunt fut autrefois sa fiancée. Le FBI ne tarde pas à identifier un suspect et un procès s'engage.

L'équipe de Michael s'agrandit : Roland Glenn, pirate informatique, les aide à copier les données de Scylla grâce à un trou noir digital. Grâce à une diversion, Michael et Mahone pénètrent dans la maison du propriétaire de Scylla et récupèrent le trou noir.

Michael, Lincoln, Mahone, Bellick, Sucre et Sara sont à la recherche de la 2ème carte Scylla. L'agent Self est furieux quand Michael lui apprend que Scylla est répartie entre 6 personnes et lui promet de tous les envoyer en prison si le groupe ne récupère pas au moins une carte avant la fin de la journée. Puis Self apprend de ses supérieurs que l'opération Scylla est abandonnée et part arrêter les évadés. Michael a cependant le temps d'enregistrer une vidéo des conspirateurs, contraignant ainsi Self à accorder un sursis au groupe des évadés. Lincoln se rapproche de Mahone quand il découvre que le fils de ce dernier a été assassiné par le Cartel.

Michael et Lincoln retrouvent T-Bag. Afin d'avoir la seconde carte, ils vont devoir se déguiser en policier. Wyatt traque Sara et pose des questions à Gretchen qui elle essaye de s'échapper. T-Bag arrive à Los Angeles. Le corps de Bruce est découvert.

Michael ne s'inquiète toujours pas pour ses problèmes de santé. On en apprend un peu plus sur ce qui s'est passé au Panama avec Sara et Gretchen. Toute l'équipe essaye d'obtenir la dernière carte. Roland trahit l'équipe en prévenant Wyatt de l'opération et en proposant de lui donner les deux frères contre une grosse somme d'argent. L'intervention a donc mal tourné, Sara essaye de sauver Sucre qui a été touché par balle. Wyatt arrive à l'entrepôt, Roland se fait prendre à son propre jeu. Il est gravement blessé. Les autres arrivent derrière Wyatt. Mahone en profite pour régler ses comptes mais est retenu par Lincoln. Sara promet de venger celle qui lui a sauvé la vie au Panama.