Au collège Kunugigaoka, la classe 3-E est un peu particulière. Elle n'est composée que d'assassins. Et pour cause, ces élèves très spéciaux ont pour but d'assassiner leur professeur avant la fin de l'année, date à laquelle ce dernier a prévu de détruire notre planète... Et quand on sait qu'il a réduit la Lune à un simple croissant, on ne peut que le croire !

Grâce au travail d’observation effectué par Nagisa, Sugino connaît à présent la routine du Pr Koro. Ancien membre de l'équipe de base-ball, le jeune homme va donc en profiter pour tenter de l’assassiner avec une balle remplie de billes anti-prof... Mais le Pr Koro n'est pas du genre à se laisser berner si facilement...

Karma Akabane est un élève qui s'est fait renvoyer du collège de Kunugigaoka à cause de ses problèmes de violence. Alors que sa période de renvoi prend fin, il réintègre l'école dans la classe E, où il va pouvoir assouvir son envie de tuer un professeur...

L’établissement de Kunugigaoka vient d’engager une étrangère, Irina Poufanovitch, afin qu’elle assure des cours de langue étrangère aux élèves de la classe E. Bien entendu, personne n’est dupe et tous comprennent qu’il s’agit là d’une tueuse professionnelle dont la mission est d’éliminer le Professeur Koro.

Une fois par mois, l’établissement de Kunugigaoka se réunit en assemblée dans son enceinte principale. C’est l’occasion pour la classe E de descendre de la colline où elle est tenue à l’écart, et de rejoindre le reste des élèves, mais aussi d’endurer les brimades et discriminations liées à leur statut particulier...

Les partiels approchent et le Professeur Koro est déterminé à améliorer les notes de la classe E. En effet, ceux de ses élèves qui parviendront à se classer parmi les 50 meilleurs de leur année auront la possibilité de quitter la classe dite des « épaves ». Mais le Proviseur ne l’entend pas de cette oreille.